Početkom rata 1992 god. sve apoteke u regiji nastavljaju svoj rad u okviru najbližeg Doma Zdravlja pa tako i gračanička. 2001 god. Gradska apoteka počinje raditi kao samostalna javna zdravstvena ustanova i kao takva egzistira i danas.

Danas Gradska apoteka u Gračanici ima 21 zaposlenih koji rad obavljaju u okviru centralne Ustanove, 3 ogranka te 3 depoa.